El diagnostico de endocarditis infecciosa puede realizarse en base a la sintomatología y factores de riesgos. (Ver abajo). Los antibióticos se administran (usualmente intravenosos y por  varias semanas) para eliminar los microorganismos infectantes. Hay otros medicamentos que se pueden dar para aliviar otros síntomas.

El reposo es importante durante el curso de la enfermedad, pero sí se aconseja mover las extremidades para evitar la formación de coágulos sanguíneos en las venas.

Las personas con defectos congénitos del corazón o válvulas artificiales cardiacas presentan un alto riesgo de contraer esta enfermedad. Otros factores de riesgo altos  incluyen abuso de alcohol o bien uso de drogas intravenosas. Además, el embarazo y una historia de fiebre reumática también aumentan el riesgo de este tipo de infección.

Después de la recuperación, que puede tomar varias semanas, es posible que sea necesario tomar antibióticos de manera preventiva o profiláctica antes de someterse a procedimientos médicos o dentales invasivos.